A múzeum grafikai kollekciójának alapját a Régi Képtárhoz hasonlóan az 1871-ben köztulajdonba került Esterházy-gyűjtemény jelentette, 3535 rajzzal és 51 301 metszettel. Innen származnak a legértékesebb régi olasz, német, francia és németalföldi rajzok: Leonardo, Raffaello, Albrecht Dürer, Albrecht Altdorfer, Nicolas Poussin és Rembrandt lapjai.
Albrecht Dürer: Melencolia I, 1514
Leonardo da Vinci: Tanulmány két harcos fejéhez, 1504-1505
Albrecht Altdorfer: Sarmingstein an der Donau látképe, 1511
Parmigianino: Venus lefegyverzi Amort, 1527-1530 körül
A Szépművészeti Múzeum megalapítása (1896) és megnyitása (1906) között egyrészt Pulszky Károlynak köszönhető a rajz- és metszetanyag további, külföldi vásárlások útján történt gyarapítása, másrészt az 1901-ben Bécsben elhunyt Delhaes István festőművésznek, aki végrendeletében a magyar államra hagyta 2683 rajzból és 14 453 metszetből álló gyűjteményét. E művek különösen szerencsésen egészítették ki az Esterházy-gyűjteményt, mert a legtöbb lap 18. és 19. századi osztrák és német mesterektől származott. A 19. századi és 20. század eleji, elsősorban francia rajzok elsőrangú együttese Majovszky Pál adománya révén 1935-ben került a múzeumba. Majovszky érdeme, hogy a 19. és 20. századi legkiválóbb mestereitől mind őriz néhány remekművet a múzeum, többek között Eugène Delacroix, Édouard Manet, Pierre-Auguste Renoir, Georges Seurat, Auguste Rodin, Paul Cézanne, Paul Gauguin, Henri de Toulouse-Lautrec, Vincent van Gogh, Pablo Picasso, Egon Schiele, Oskar Kokoschka alkotásait.
Richard Parkes Bonington: Halászhajók a hullámzó tengeren
Jean-François Millet: Anyai gondoskodás
Honoré Daumier: Cirkuszi kikiáltók
Paul Cézanne: Gyümölcscsendélet
Vincent van Gogh: A nuneni paplak kertje télen
Toulouse Lautrec:
Pablo Picasso: Anya és gyermeke
Egon Schiele: Ölekezők
A legutóbbi évtizedekben több ezer rajz és sokszorosított grafika került a gyűjteménybe, részint belföldi vásárlások, részint ajándékozások, például Daniel-Henry Kahnweiler és Victor Vasarely nagylelkű adományai révén. A kortárs rajzok és sokszorosított grafikák rendszeres gyűjtése a hatvanas években kezdődött meg, és azóta jelentős vásárlások és újabb adományok révén folytatódik. Az adományozók közül kiemelkedik a svájci St. Gallenben működött Franz Larese és Jürg Janett Alapítvány, amely 2010-ben mintegy 600 modern grafikai munkával gazdagította a kortárs művészeti anyagot (a többi között Günther Uecker, Antoni Tàpies, Max Bill, Eduardo Chillida, Robert Motherwell, Serge Poliakoff, Mark Tobey lapjaival).
Ilja Kabakov: A légy
Antoni Tàpies: Száj
Chillida
Uecker
A Magyar Nemzeti Galéria 1957. évi megalakulása előtt a nemzetközi és a magyar grafikai alkotásokat is a Szépművészeti Múzeum őrizte. A magyar művek kiválását követően alakult ki a nemzetközi Grafikai Gyűjtemény, amely az 1950-es évek óta csupán nemzetközi művészek alkotásaival gyarapodik. A két intézmény 2012-ben bekövetkezett újraegyesítése után e gyűjteményrész továbbra is a korábbi helyén, a Szépművészeti Múzeum épületében marad, egységében reprezentálva a nemzetközi grafikusművészet több évszázados történetét.